Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Διακυβέρνηση, Ανάπτυξη και Ασφάλεια στη Μεσόγειο» εντάσσεται στον στρατηγικό σχεδιασμό του Πανεπιστημίου Αιγαίου, διέπεται από επιστημονική συνοχή και αποσκοπεί στην εκπαίδευση, παραγωγή και μετάδοση γνώσεων, εμπειρίας και μεθοδολογικών εργαλείων ανάλυσης της σύνθετης πολιτικής, κοινωνικής, οικονομικής και γεωπολιτικής πραγματικότητας του ευρύτερου μεσογειακού χώρου στους συμμετέχοντες στο μεταπτυχιακό Πρόγραμμα.
Ειδικότερα, στόχος του Προγράμματος είναι να προσφέρει υψηλού επιπέδου εκπαίδευση και κυρίως την εξειδικευμένη γνώση των πολιτικών, κοινωνικών και οικονομικών εξελίξεων στη περιοχή της Μεσογείου, ώστε οι απόφοιτοί/ές του να επιχειρούν με αξιώσεις τα επόμενα βήματά τους στον εγχώριο ή/και το διεθνή επαγγελματικό και ακαδημαϊκό στίβο. Ειδικότερα, διερευνώνται σε βάθος οι σημαντικότερες πτυχές της σύγχρονης ιστορίας της Μεσογείου και οι σημαντικότερες μεταψυχροπολεμικές γεωπολιτικές και οικονομικές αλλαγές που επήλθαν στην ευρύτερη περιοχή της Μεσογείου, εξετάζονται διεξοδικά οι σχέσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης με τις Νότιες Μεσογειακές χώρες, παρουσιάζονται τα κύρια χαρακτηριστικά της εξωτερικής πολιτικής των χωρών της Μέσης Ανατολής και Βόρειας Αφρική καθώς και των χωρών της Νότιας Ευρώπης, αναλύονται οι διεθνείς οργανισμοί που λειτουργούν στην ευρύτερη περιοχή της Μεσογείου και προσδιορίζονται τα ζητήματα των θαλασσίων ζωνών.
Διερευνώνται, επίσης οι παραδοσιακές διακρατικές και εμφύλιες συγκρούσεις. Ιδιαίτερη, ωστόσο, έμφαση δίνεται στην εμβάθυνση των νέων απειλών και προκλήσεων που αντιμετωπίζουν οι χώρες της Μεσογείου, όπως μεταξύ άλλων η οικονομική δυσπραγία και η διεύρυνση των κοινωνικών ανισοτήτων, η αναβίωση του Ισλάμ, η αύξηση της τρομοκρατίας, η εξαναγκαστική μετανάστευση, και η διάχυση των ΄Όπλων Μαζικής Καταστροφής. Τέλος, διερευνάται η αλληλεπίδραση της ενεργειακής ασφάλειας με τις διαμορφούμενες γεωπολιτικές ισορροπίες στη Μεσόγειο.
